委托人在纳税申报代理业务中的配合程度直接决定申报质量，专业机构通常要求企业提供发票流、资金流、物流“三流合一”的完整证据链。以增值税申报为例，委托人需在每月15日前提供：① 销项数据（包括税控盘导出的发票明细、未开票收入台账、视同销售调整依据）；② 进项数据（增值税发票抵扣联、海关进口增值税缴款书、农产品收购凭证的扫描件及业务真实性说明）；③ 银行流水（重点标注与收入相关的收款记录，以佐证申报表“销售额”与资金流的匹配性）。若企业涉及出口退税，还需同步提交报关单、货运单据、收汇凭证的电子版，并确保单证信息（品名、数量、金额）与发票完全一致。实践中常见的问题是委托人财务部门只提供科目余额表，导致代理机构无法识别“其他应收款”挂账的关联方借款利息（需代扣增值税）或“营业外收入”（可能涉及免税条件审查）。因此，专业机构应通过《资料清单确认书》明确要求委托人法定代表人签字承诺资料真实性，并根据《税收征管法》第56条，提醒委托人保留原始凭证至少10年以备核查。对于使用ERP系统的企业，建议委托人开放“只读权限”给税务师，以便直接提取“销售收入-税额”的明细账，减少人工汇总误差。
委托人实施研发费用加计扣除时，需建立"三位一体"协作机制：① 研发部门需按项目提供《工时分配表》（细化到每人每日参与研发的百分比）、立项决议书、中期检查报告等技术文档；② 财务部门需按《财政部104号文》要求设置辅助账，将"差旅费-研发差旅"与普通差旅分科目核算；③ 人力资源部门需配合出具研发人员学历证明（硕士以上占比）、劳动合同（注明研发岗位职责）。2023年某科创板企业被取消加计扣除资格，原因是研发部门拒绝提供样机测试失败记录，导致税务机关无法验证项目的"创新性"。专业机构应指导委托人每月召开三部门联席会议，重点核对：研发人员工资分摊比例是否与考勤系统一致（如某工程师50%时间参与项目A，则其工资的50%归集至A项目）、共用设备（如3D打印机）的折旧分摊是否留存使用记录。对于委托研发项目，必须取得受托方按《技术合同认定登记管理办法》在科技部门备案的证明，并保存银行付款回单（收款方名称须与合同一致）。
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